电子肛门镜检查一般为100-200元一次，具体价格与就诊医院的收费标准，医院级别有很大关系。
如果只是普通肛门镜检查，只会使用一次性塑料的肛门镜，检查成本较低，而电子肛门镜是一个前端带有摄像头的检查设备，可以通过光纤将摄像头看到的图像传输到显示屏上，代替人的肉眼去观察肛管和直肠内的情况。
电子肛门镜的优势在于可以让医生和患者家属同时进行实时的观察，并且在检查后可以生成图文报告，成本相对较高，如果是普通医院会在100元左右，如果是医疗条件较为优越的三级甲等医院或一线城市医院，费用可能在200元左右。
此外，为了能够让观察更清晰，减少误诊误判的概率，可能在检查前需要进行肠道准备，需要清洁肠道药物的费用。如果还需要进行活检或其他的一些治疗，那么可能需要再增加额外的费用。
需要注意的是，在进行电子肛门镜检查前三天要注意清淡饮食，避免对肠道形成刺激从而影响检查结果，前六小时内不要进食，避免麻醉过程中出现意外。