蹲着的时候小腹会痛可能是肌肉收缩、痛经，也可能与肠炎、盆腔炎、输尿管结石等有关。如果偶尔出现可以暂时观察，若频繁出现建议就诊明确。
1、肌肉收缩：当人体下蹲时，肌肉会收缩，可能导致痉挛，进而出现疼痛感。通常比较轻微，可以站立或轻揉小腹缓解。
2、痛经：当女性处在生理期时，下蹲后可能会影响到子宫内膜的剥脱，或影响到血块从宫颈口的排出，进而出现痛经的情况。此时不用过多处理，也可以轻轻按揉小腹，促进经血排出。
3、肠炎：可能与致病菌感染、免疫异常、遗传等因素有关，患者可能会出现腹痛、腹泻等症状，可阵发性出现。如果在下蹲时恰巧出现症状，就会有疼痛感。建议积极治疗，防止经常腹泻而出现机体脱水的情况，要及时进行淡盐水的补充，而且饮食要以流质食物为主。可以遵医嘱使用蒙脱石散、乳酸菌素片等药物止泻，同时使用抗感染药物，如硫酸庆大霉素颗粒、头孢地尼片等。
4、盆腔炎：可能与致病菌感染，或炎症沿生殖道向上蔓延导致，常见于性生活频繁的人群，此时由于炎症刺激会有盆腔积液，下蹲时积液对周围组织造成挤压就会出现疼痛，还会伴有经间期异常阴道出血、分泌物增多等表现。可以配合医生使用左氧氟沙星胶囊、甲硝唑片等药物进行治疗，还要注意休息，避免性生活。
5、输尿管结石：可能为机体代谢异常、饮食因素等所致，当患者下蹲时可能会影响到结石的排出，结石可能会刺激输尿管壁而出现疼痛。可以改为站立的姿势，如果仍没有缓解，说明出现结石梗阻，需要到医院进行处理，如体外冲击波碎石、手术治疗等。
此外，还可能与阑尾炎、腹股沟疝、肠扭转等问题有关，可以先到外科就诊，根据所导致的原因到消化内科、妇科、泌尿外科等科室就诊，医生会通过体格检查、血常规，以及影像学检查等进行综合判断。