细菌和真菌在多个方面存在显著的区别，这些区别主要体现在生物类型、细胞结构、细胞大小、增殖方式、名称组成以及引起的疾病和治疗方式等方面。
1、生物类型
- 细菌属于原核生物，没有核膜包围形成的细胞核，其DNA分子单独存在，没有染色体结构。真菌属于真核生物，具有核膜包围形成的细胞核，其细胞核中的DNA与蛋白质结合在一起形成染色体。
2、细胞结构
- 细胞壁：细菌细胞壁的主要成分是肽聚糖。真菌细胞壁的主要成分是几丁质（也有说法认为是几丁酯，但几丁质更为常见）。
- 细胞器：细菌只有核糖体一种细胞器，结构相对简单。真菌除了核糖体外，还有内质网、高尔基体、线粒体、中心体等多种细胞器，结构更为复杂。
3、细胞大小
- 细菌细胞直径较小，一般在1μm-10μm。真菌细胞体积较大，直径一般在10μm-100μm。
4、增殖方式
- 细菌主要通过二分裂法进行增殖，即一个细菌分裂成两个相同的细菌。真菌增殖方式多样，主要包括出芽生殖和孢子生殖。出芽生殖是真菌从母体上长出芽体，芽体逐渐发育成新的个体；孢子生殖则是真菌通过产生孢子来繁殖后代。
5、名称组成
- 尽管细菌和真菌的名称中都有一个“菌”字，但二者的名称组成有所不同。细菌的名称中一般含有描述其形态的词汇，如球、杆、弧、螺旋等；而真菌的名称中则不含有这些描述形态的词汇。
6、引起的疾病和治疗方式
- 细菌感染主要引发毛囊炎、肺炎等疾病，患者常伴有发热、寒战等症状。细菌感染通常可以使用广谱类的抗炎药物或抗生素类药物进行治疗，效果良好且能够彻底治愈。真菌感染通常表现为癣类疾病，如手足癣、体癣、股癣等，患者会出现瘙痒、红斑等症状。真菌感染的治疗相对困难，需要使用抗真菌药物进行治疗，且病情容易反复发作。
细菌和真菌在存活时间和分布上也存在差异，细菌可能形成各种形状，且每个细菌都具有独立的生存能力，而真菌则可能以不同的形态和方式存在于自然界中。
在临床上，细菌感染和真菌感染的症状也可能有所不同。细菌感染患者常出现发烧、皮疹等现象，而真菌感染则多以皮癣为主。