全飞秒手术是一种较安全的激光手术，但也有患者在术后可能会出现干眼症、感染、屈光回退、过矫或欠矫、角膜变薄、眼睛眩光等后遗症，建议选择正规医院由专业人士进行操作，术后还需做好护理，减少后遗症的发生。
1、干眼症
全飞秒手术可能会损伤角膜基质的神经，从而减少泪液分泌，出现干眼症。多发生在术后3个月内，但恢复相对较快。
2、感染
全飞秒手术仅在角膜边缘做一个小切口，如果术后若护理不当，可能会导致伤口感染，但发生几率较低。
3、屈光回退
手术前是高度近视的患者，在全飞秒手术后可能会发生一定程度的屈光回退，比较常见。
4、过矫或欠矫
术前屈光检查不准确，则会导致术后出现过矫或欠矫的情况，一般需要再次进行手术矫正。
5、角膜变薄
全飞秒手术需要切割角膜组织以改变屈光度，因此术后会导致角膜变薄。
6、眼睛眩光
术后患者还可能出现眼睛眩光的问题，常在夜间或低光条件下出现，可能与术后角膜形状改变有关。
全飞秒手术虽然比较安全，但任何手术都存在一定的风险，因 此在术前需要充分了解手术的利弊，术后还需注意局部护理、用药管理以及生活行为管理。术后3天内，防止水及其他异物进入眼内；术后1周内，需注意休息，避免过度用眼。