甲状腺癌严重程度与病理类型、分期相关，分化型癌不严重，未分化癌极严重。分化型Ⅰ期5年生存率近100%，多数可长期存活；未分化癌生存期短。核心是早发现，规范手术及后续治疗，多数患者无需过度担忧，能获得良好生存效果。
从病理类型看，乳头状甲状腺癌占比最高，约70%-80%，其恶性程度低，生长缓慢，即便出现颈部淋巴结转移，规范治疗后预后仍极佳。滤泡状甲状腺癌次之，预后略逊于乳头状癌，但早期治疗后也能获得较好生存效果，这两类被称为分化型甲状腺癌，整体恶性程度较低。
未分化甲状腺癌则恶性程度极高，占比不足5%，但进展迅速，易侵犯周围组织并发生远处转移，对常规治疗反应差，生存期显著缩短，是甲状腺癌中最严重的类型。髓样甲状腺癌预后介于分化型与未分化之间，与是否存在家族遗传史密切相关，早期发现并治疗可改善预后。
疾病分期是影响生存期的关键因素，分化型甲状腺癌Ⅰ期患者，肿瘤局限于甲状腺内，通过根治性手术切除，5年生存率可达99%以上，多数患者可长期生存；Ⅳ期患者虽出现远处转移，但通过手术、放射性碘治疗等综合手段，仍有部分患者能存活10年以上。
治疗规范性直接决定预后，分化型甲状腺癌需以手术为核心，术后根据情况进行放射性碘治疗及长期激素抑制治疗，不规范治疗会导致复发风险升高；未分化甲状腺癌则需采用手术、放化疗等综合方案，虽预后差，但积极治疗仍能延长部分患者生存期。