对于健康人群，酸奶、咖啡一起喝通常不会使身体出现较严重的情况。但由于二者口感不同，适宜饮用时间各异，可以考虑不一起喝。同时，二者都有促进胃肠蠕动的作用，建议消化系统疾病的患者不要空腹混合饮用。
酸奶微甜或酸，含有益生菌，可以保护胃肠道、促进消化，还能提供能量与一定的营养物质，比较适合餐后服用。咖啡较苦，其中的咖啡因有提神醒脑、振奋精神的作用，比较适合学习、工作时感到疲劳，需要提神的情况。
由于酸奶促消化，咖啡因可能刺激胃肠道，有胃肠疾病的患者不建议空腹直接喝，可能会导致腹痛、腹泻、恶心的情况。所以，建议按照上述不同情况选择喝酸奶或者咖啡的时间，不必一起喝。