心耳主要有两方面作用，作为心房结构的一部分，在结构上起到防止血液逆流的作用，并且右心耳具有一定的激素分泌作用，能分泌心钠素调节血压。
1、防止血液逆流：心耳属于心房结构的一部分，是从心房延伸出的耳形囊。在心耳与心室之间有心脏瓣膜，在血液从心房流向心室的过程中起着防止血液逆流的作用。血液从心室逆流入心房，会导致心房压力升高，长期的压力升高会进一步造成肺部肺动脉高压等相关疾病，表现为胸闷、呼吸困难、咯血等；
2、激素分泌：右心耳能分泌心钠素，又称心房利钠肽，是一种调节机体循环血量的激素，具有排钠排水的作用。当机体循环血压过高、水肿等情况发生时，心房利钠肽水平升高以降低血压。当心房利钠肽水平下降时，可以作为心功能下降的一项指征。
心耳是心脏中的重要结构，当心耳病变时心脏功能会有不同程度地受损。并且由于心耳是心房与心室之间的间隔结构，在房颤时大量血栓形成或脱落可能导致心脏栓塞，可行左心耳封堵术防止栓子进入心室，起到预防脑梗或心梗的目的。