细菌和病毒发烧通常难以区分，二者都可能出现高烧或低烧，无法从发烧的特点来区分。出现发烧的患者，可以从致病病原体、症状、检查结果等方面的不同来区分是细菌引起还是病毒引起。
1、致病病原体不同：细菌性发烧是感染细菌后出现，比如肺炎链球菌、金黄色葡萄球菌，病毒性发烧是由于患者感染病毒后出现，比如新冠病毒、流感病毒，可以进行病原体检查明确是细菌还是病毒；
2、症状不同：细菌性发烧的患者可能先有寒战，又出现体温上升，病毒性发烧的患者一般没有寒战。但单纯从此症状来区分是细菌性还是病毒性发烧缺乏准确性。细菌性发烧还可以伴有脓鼻涕、黄脓性痰液、扁桃体化脓等不良症状，病毒性发烧不会出现上述化脓症状，可能会有鼻塞、扁桃体肿大、头痛、肌肉酸痛等症状；
3、检查结果不同：细菌性发烧血常规检查以白细胞升高、中性粒细胞升高为主，C反应蛋白也会有明显升高，病毒性发烧患者的血常规检查以淋巴细胞升高为主，白细胞、中性粒细胞、C反应蛋白可不升高。
细菌性发烧常采用抗生素来治疗，比如青霉素、头孢曲松、左氧氟沙星等，病毒性发烧患者一般可以自愈，如 果症状严重也可以遵医嘱服用药物进行对症治疗，比如出现腹泻症状的患者可以口服蒙脱石散进行止泻治疗，并补充血容量进行治疗。