氟康唑和伊曲康唑同样都属于临床上常用的广谱抗真菌药，都具有一定程度的抗真菌功效，在临床上可用于真菌感染导致的多部位炎性疾病，但两者又有一定的区别，临床用药应在医生帮助下选用合适的药物种类。
1、药物类别：氟康唑属于咪唑类抗真菌药，而伊曲康唑属于三唑类的抗真菌药，所以，虽然两者都是属于抗真菌药物，但细分类别是不一样的，抗真菌覆盖范围也有一定区别；
2、药物代谢：氟康唑主要是局部和口服给药，不通过肝脏代谢，大部分都是经由肾脏排泄 ，它能够通过血脑屏障进入中枢系统，因此，主要用于中枢神经系统和肾脏的深部真菌性感染。而伊曲康唑相比氟康唑作用范围更广泛，可以通过静滴给药和口服给药，可用于外阴阴道假丝酵母菌病、皮肤真菌病、念珠菌病等；
3、禁忌人群：二者都禁用于肾功能严重受损以及对药物成分过敏的患者。但伊曲康唑禁用于孕妇，而氟康唑可在必要时在医生指导下用于孕妇及哺乳期女性，应注意用药剂量及时长需严格遵医嘱。
因此，氟康唑和伊曲康唑在使用时要根据患者的具体病情遵医嘱去使用，且用药过程要注意观察自身身体情况，若出现明显不适症状，需要立即停药并就医诊治，避免发生不良后果。