天然药物是指经现代医药体系证明，具有一定药理活性的动物药、植物药及矿物药等。天然药物不等同于中药或中草药，来源包括植物、动物和矿物，不包括来源于基因修饰动植物的物质，以及经微生物发酵或经化学修饰的物质。
1、植物药：从天然药物的使用规模来看，植物药占天然药物总数的87%左右，常见的植物类天然药有抗癌药物紫杉醇及其衍生物，抗疟疾药物青蒿素，心脑血管药物银杏内酯等；
2、动物药：动物药根据药用部位可分为动物整体，如水蛭、蜜蜂等；动物体某一部分，如海螵蛸、鹿茸等；动物脏器类，如鸡内金、蛤蟆油等；动物生理产物，如蜂蜡、蚕沙等；其他生理产物类，如蝉蜕、蜂蜜等。为保护生态环境的平衡，目前动物药均为人工养殖的产物，而非野生保护动物；
3、矿物药：矿物药较植物药、动物药少，通常按构成矿物的主要化合物的阴、阳离子分类。朱砂、石膏、芒硝、炉甘石、胆矾等为阳离子类矿物药，雄黄、白矾、滑石等为阴离子类矿物药。