精神分析疗法是一种心理治疗，大致可以分为四个阶段，包括心理活动探索、综合了解心理状况、指导解释、工作修通，经过长期治疗让病人转移关系，并改变对别人的关系，调整心理结构，消除内心异常情感，使适应能力得到提高。
1、心理活动探索：广泛了解病人的心理是治疗的基础，包括对家庭背景、亲子关系、早期性心理发展以及日后生活经验，分析病人的幻想、白日梦、日常错误、失言、梦等方面的内容，使用病人的心理防御机制，了解病人的反应模式；
2、综合了解心理状况：在治疗过程中要全面了解病人过去，因为一个人的所作所为、思维、态度都与过去有关，了解目前的行为动机和理由，可以让病人描述幼儿时的故事，帮助其思考如何影响到现在，并谈现在的事与过去的经验有什么联系，连接有意识和无意识，发掘理智与情感之间的关系；
3、指导解释：对病人的心理动态以及病情过程，均需要了解，可以用暗示或提问的方法形成心理暗示，让病人自行领悟。如果病人出现阻抗治疗，可提前向其说明治疗中可能出现的反应，同时可鼓励病人说出治疗方法是否妥当，随后可向病人做出指点解释，达到情感上的吸收与转变；
4、工作修通：精神分析疗法是个长期的过程，病人对病情的了解，改变态度和做法，以及对心理困难的适应方式，治疗者要做引导督促，鼓励重复训练，逐步改善心理态度，促进情绪成熟，这是治疗中十分重要的过程，称为工作修通。
总之，精神分析疗法需要由经验丰富的心理治疗者，进行长期、全面的系统治疗，病人才能够逐渐见到成效。