复合益生菌和益生菌都是微生物，主要区别在成分和功能，如果需要使用，建议在医生的指导下根据个人情况进行使用。
1、成分：益生菌指的是某一种有益菌，比如双歧杆菌等，而复合益生菌则是几种益生菌混合在一起，可能包含鼠李糖乳杆菌、乳双歧杆菌等；
2、功能：益生菌主要功能是帮助补充肠道所需菌种，保持肠道功能，促进消化、吸收。而复合型益生菌将几种益生菌混合在一起，一般可以起到综合改善腹泻、便秘、调节肠道菌群等多方面的作用。
如果因为肠道菌群失调导致腹泻等，需要及时在医生的指导下补充复合益生菌和益生菌，但如果长期吃，也有可能导致肠道内菌群失调，对人体产生危害。因此，补充益生菌的种类和数量应严格按照医生的指导进行，以免对身体健康不利。