9岁男孩的生殖器一般指阴茎，其未勃起时正常长度为3cm左右，但由于每个人的身体发育情况不同，且受到肥胖以及遗传因素的影响，9岁男孩一般还没有发育，阴茎的正常大小没有具体数值。
青春期是指由儿童发展为成人的过渡时期，男孩一般在12岁左右进入青春期，而9岁男孩正处于青春期前的阶段，生殖器官基本处于未发育状态，因此阴茎会比较小。如果家长发现男孩的阴茎过大或过小，需要及时带男孩到医院小儿泌尿外科就诊，阴茎过小通常提示男孩存在隐匿阴茎，隐匿阴茎的常见原因是肥胖或存在先天性阴茎解剖结构异常。阴茎过大通常提示男孩可能存在性早熟，性早熟是指男孩在9岁及以前出现第二性征，如睾丸和阴茎增大、身高增长迅速等，通常是由于下丘脑-垂体-性腺轴功能提前发动引起。
家长可以观察9岁男孩的生殖器大小，若存在异常应及时就诊明确病因。如果是隐匿阴茎导致生殖器过小，自愈性极小，男孩需要及时进行手术治疗，以免影响生殖器功能和心理健康。如果男孩是性早熟导致生殖器过大，可以遵医嘱使用醋酸曲普瑞林注射液等抑制性早熟的药物进行治疗。