透明隔囊肿位于颅骨内的两侧脑室之间，所以不管采用哪种方式，手术都是从颅骨开刀。透明隔囊肿如果符合手术指征，可采用经过立体定位切开颅骨、囊肿腹腔分流术、囊肿穿刺抽吸引流术、囊肿脑室造瘘术等手术方法治疗。
1、经过立体定位切开颅骨：一般手术切口在冠状缝前、中线旁开4-5厘米。其手术方法是切除部分囊壁，让透明隔囊壁和脑室相通，以免囊肿再次形成和扩大而导致脑组织压迫症状。但是此手术创伤大，临床已经较少采用；
2、囊肿腹腔分流术：一般手术部位位于右侧额角穿刺囊肿，钻孔位置在甲紫液划线标出的囊肿最大层面上，中线向右侧旁开。此手术相对创伤小，可以有效缓解囊肿对脑内组织的压迫症状，对分流较大的囊肿效果较好。但是术后容易出现堵管的情况，需要终身带引流管；
3、囊肿穿刺抽吸引流术：一般手术切口位于右侧冠状缝前2厘米，中线旁开2.5厘米颅骨钻孔抽吸囊液。这类手术虽然创伤小，但术后有可能出现囊肿再次形成，需要再次手术，可能会增加患者痛苦；
4、囊肿脑室造瘘术：一般手术部位是由神经内镜经右侧脑室额角入路，行透明隔双侧壁造瘘术，是利用 神经内窥镜技术，可以直接查看囊肿，避免损伤血管，并且打开囊壁与侧脑室相通，能够有效预防囊肿再次形成。此手术创伤小，术后恢复好。
建议首选囊肿脑室造瘘术，通过脑室内窥镜技术，以微创的方式治疗透明隔囊肿。