16岁一周手淫两次通常没有影响，一般在正常频率内。16岁的青少年正处于性发育阶段，适度手淫可以放松身心，宣泄心理压力，缓解性压力，同时可以感到身心愉悦，对身体有一定的好处。
但若是过度手淫，可能会影响体内激素分泌，出现内分泌紊乱的情况，还可能会影响生殖器官的发育。若是手淫过程中不注意清洁卫生，可能会使细菌生长繁殖，刺激局部诱发炎性病变，如前列腺炎、龟头炎等，出现局部疼痛、发红、肿胀等不适症状，治疗不及时还可能会影响生殖器正常勃起。
因此建议日常适度手淫，过程中注意局部皮肤清洁卫生，可以用温水冲洗局部，能够有效减少细菌滋生，同时还可以预防疾病。生活中也需养成良好的生活习惯，勤换洗衣服，穿一些宽松、透气的衣服。