同仁堂牛黄清心丸不可以长期服用，同仁堂牛黄清心丸的主要作用为清心化痰、镇惊祛风。但是如果长期服用，有可能会导致脾胃虚寒、耗伤正气。
同仁堂牛黄清心丸含有人工牛黄、羚羊角、人工麝香、柴胡、黄连、黄芩、栀子、郁金等27种成分，其中人工牛黄、柴胡、黄连、栀子等在中医理论上具有清心火、清肝热、解毒的功效，且同仁堂牛黄清心气芳香、辛散走窜，有一定开窍醒神的作用。但长期服用同仁堂牛黄清心丸容易导致清热过度，引起畏寒、四肢冰凉、腹痛、腹泻、水肿等脾胃虚寒症状，还可耗伤正气，如果患者体质虚弱，应该使用人参汤大补元气，防止出现气虚引发新的疾病。
此外，如果是牛黄清心丸，还有可能含有朱砂、雄黄，长期服用容易导致肝肾损伤。因此，同仁堂牛黄清心丸不可以长期服用。如果是孕妇、哺乳期妇女、儿童、老年人等特殊人群，不仅不可以长期服用，还应在医生的指导下谨慎服用。