辅酶Q10服用后，需要经过肝脏功能进行解毒、代谢和排泄。偶尔服用辅酶Q10，一般不会对肝脏造成太大的影响，但如果长期服用，可能会对肝脏造成一定的损伤。
辅酶Q10是重要的脂溶性抗氧化剂和免疫增强剂，多用于防治心血管疾病，例如心律失常、窦性心动过速、高血压等。辅酶Q10具有抗氧化的作用，对于帮助清除体内的自由基，预防动脉粥样硬化，为心肌细胞提供充足的能量有利，对心肌可以起到一定的保护作用。长期服用辅酶Q10会对人体造成一定的毒副作用，因为辅酶Q10属于辅酶类药物，需要通过肝脏进行解毒、代谢和排泄。
少量、短期服用辅酶Q10时，多数可由肝脏分解、代谢，并不会对肝组织造成损伤。但在长期服用辅酶Q10的情况下，会增加肝脏的解毒、代谢、排泄负担，对肝脏功能造成一定的损伤，所以有严重肝功能障碍的患者，通常不建议服用辅酶Q10。另外，辅酶Q10有可能导致消化不良，所以有胃炎、十二指肠溃疡等疾病的患者，也不能长期服用辅酶Q10。