腔内彩色多普勒超声是通过人体天然的腔道进行检查。在检查时，医生将彩色多普勒超声的探头，伸到人体天然的腔道中，利用超声多普勒技术和超声回波原理，对邻近器官组织成像。但由于检查器官不同，具体情况也有所区别，常见经食管检查、经直肠检查、经阴道检查等。
1、经食管检查：在进行心脏部位的腔内彩色多普勒超声检查时，通常将探头从食管进入，在心脏的后方进行超声检查。相对体表位置的心脏超声，腔内彩色多普勒超声距离心脏的位置比较近，能更清晰的观察心脏情况。但是腔内彩色多普勒超声检查心脏时会刺激胃肠道，引起被检查者的不适，需要在医生评估检查者身体情况后再选择；
2、经直肠检查：在进行男性前列腺检查、未婚女性的妇科检查等项目时，常通过直肠进行腔内彩色多普勒超声。在检查时，医生将探头伸入直肠，由于探头较探查器官更近，通常较体表检查更清晰，可以给医生提供比较准确的诊断依据；
3、经阴道检查：已婚女性进行腔内彩色多普勒超声查看子宫、附件等情况时，通常将彩超探头伸入阴道进行检查，这样可以缩短探头与被检查器官之间的距离，避开腹部 脂肪、肠气等物质的干扰。