脑干出血并不是完全没法手术，但大部分脑干出血的患者难以通过手术治疗的方式将血肿清除，这主要是因为脑干的特殊性决定的。脑干内存在大量上行、下行传导束，是大脑、小脑与脊髓连接的重要通路。而且脑干内有大量的神经核团，这些神经核团接受冲动传入，并且通过传出冲动来支配人体重要脏器的功能活动。
在脑干下部延髓位置，有负责调节呼吸、循环、吞咽等重要生活活动的反射中枢。由于这些反射中枢对维持人体正常生理活动、维持脏器功能稳定具有重要意义，因此一旦当这些反射中枢在手术过程受到损伤，就容易导致患者出现呼吸节律改变，甚至出现呼吸衰竭，还会造成心率、血压变化，严重情况下将威胁患者的生命，因此脑干又被称为生命禁区或手术禁区。
但随着显微外科手术技术的不断进步，以及先进仪器、设备不断应用，比如术中应用电生理监测仪，能够有效避免在手术过程中对重要的神经核团造成误伤，临床上也有越来越多的脑干出血患者开始接受手术治疗，通过精细操作能够清除一部分血肿，挽救患者生命。