临床上没有治疗HPV阳性的特效药，HPV阳性的人群，可以在医生的指导下服用转移因子胶囊、胸腺肽肠溶胶囊等药物提高机体免疫力。通过增强机体的免疫功能来清除体内的HPV病毒，促使HPV阳性转为阴性。除口服提高免疫力的药物外，还可以遵医嘱使用重组人干扰素α1b注射液等调节免疫的药物，也可能对于促进HPV阳性转阴有好处。
需要注意的是，部分人群为一过性HPV阳性，能够自行转阴，不需要使用药物。一般长时间存在HPV阳性，或者HPV阳性导致临床症状后，才考虑用药治疗。因此，建议HPV阳性的人群及时到医院就诊，在医生的指导下决定是否使用药物，以及使用哪种药物治疗。不能擅自用药，以免出现不良反应，对HPV阳性转阴造成不良影响。