每天凌晨三点多醒来的原因比较多，可能是夜间小便、午睡时间过久、褪黑素减少、抑郁、神经衰弱等造成的，一般通过调整生活习惯可以改善，必要时遵医嘱应用药物治疗。临床常见于以下几种原因：
1、夜间小便：每天凌晨三点多醒来，可能是夜间想解小便引起的，可以在睡前减少饮水，缓解症状；
2、午睡时间过久：许多人有午睡的习惯，如果每天午睡时间过久，也可能造成夜晚早醒，导致每天凌晨三点多醒来。建议减少中午睡觉的时间，一般可以缓解；
3、褪黑素减少：褪黑素与睡眠的关系很密切，随着年龄的增长，褪黑素的分泌会逐渐减少，睡眠时间进而减少，容易出现每天凌晨三点多醒来的现象；
4、抑郁：半夜醒来是抑郁症患者的常见症状，每天凌晨三点多醒来，可能是抑郁导致的，建议及时前往医院，在专业医生指导下，采取谈话疗法、调整生活方式和服药等方法进行治疗；
5、神经衰弱：神经衰弱患者也容易出现早醒的情况，如果每天凌晨三点多醒来，那么有可能是神经衰弱导致的，这些患者睡眠质量通常不好，还容易出现睡不着的情况，可遵医嘱口服药物进行治疗。
另外，精神紧张、长期工作压力过大、情绪波动、焦虑、房间太热等也可能会导致每天凌晨三点多醒来，出现上述现象，需要消除诱因，调节自身情绪，必要时到心理门诊就诊，给予心理疏导、心理干预，或服用抗焦虑、抑郁、营养神经或镇静催眠的药物进行治疗。
某些内分泌疾病、充血性心衰，以及帕金森病等神经系统疾病等均可出现该情况，如果同时伴有咳嗽、呼吸困难等情况，应及时前往医院就诊，明确病因，尽早治疗。