乳汁当中含有蛋白质、脂肪以及多种氨基酸、维生素、微量元素等营养元素，而蛋白质在常温下很容易变质，并且会滋生细菌，如果不及时清洗吸奶器，很容易被污染。而用污染后的吸奶器吸奶，会导致乳汁中有致病菌的存在，所以2个小时用一次吸奶器也需要进行清洗。
由于婴儿的胃肠道抵抗力比较差，乳汁中的致病菌很容易导致胃肠道的炎症性反应，造成恶心、呕吐、腹泻等消化道症状，严重的可能会导致脱水。吸奶器不及时清洗，导致细菌污染，再次接触乳房局部的时候，可能会引起乳房局部发生炎症性反应，比如会出现局部红、肿、热、痛、体温升高、寒战等症状，严重的甚至会引起局部出现化脓。
所以吸奶器在用完之后，即使在短时间内再使用，也需要彻底进行清洗。清洗吸奶器时可以用锅煮沸10分钟，仅仅用水冲洗无法减少细菌感染的可能性。