长时间跑步脚踝内侧疼痛可通过一般治疗、物理治疗或药物治疗等方式进行缓解，必要时采取手术治疗。长时间跑步脚踝内侧疼痛可能是踝关节磨损、炎症等原因引起，若症状持续不能缓解，应及时就医，查明病因后进行针对性治疗。
1、一般治疗：如果出现长时间跑步脚踝内侧疼痛，患者应卧床休息，减少运动，还可以将踝部抬高，促进肿胀消退，有利于恢复局部血液循环，更好地改善病情。同时，需要保证每日摄入充足的蛋白，促进恢复；
2、物理治疗：在长时间跑步脚踝内侧疼痛初期，可对患处进行冰敷，防止炎症扩散。超过二十四小时后，可对患处使用毛巾进行热敷，促进血液循环，缓解疼痛。另外，患者可以使用局部理疗，如超短波和远红外线等进行治疗，能够改善脚踝关节内滑膜炎症，减轻脚踝关节疼痛症状；
3、药物治疗：如果长时间跑步脚踝内侧疼痛，是存在软组织损伤或者韧带损伤所致，可以局部使用双氯芬酸二乙胺乳胶剂，也可以在医生指导下口服双氯芬酸钠缓释片、活血止痛胶囊等药物，促进恢复；
4、手术治疗：如果上述保守方法无法改善长时间跑步脚踝内侧疼痛症状，可能为骨 关节炎引起，可以考虑进行踝关节镜手术，清理踝关节滑膜及软骨碎屑，能够改善相关症状。