盘尼西林是音译，目前指青霉素G，即天然青霉素。阿莫西林是一种半合成的青霉素，二者都属于青霉素类抗生素，青霉素G与阿莫西林的区别主要在于抗菌谱、给药方式、剂型等。
1、抗菌谱：青霉素G属于相对窄谱类的抗生素，对革兰氏阳性细菌具有较好的抗菌活性，如溶血性链球菌、肺炎链球菌、厌氧菌、消化球菌和消化链球菌等，但对于革兰氏阴性菌效果较差，但除外脑膜炎双球菌，它可以用来治疗脑膜炎双球菌所导致的化脓性脑膜炎，也称为流行性脑脊髓膜炎，青霉素G还可以治疗梅毒和钩端螺旋体病。阿莫西林属于广谱类抗生素，对革兰氏阴性菌和革兰氏阳性菌效果都比较好，如肺炎链球菌、溶血性链球菌、李斯特菌、白喉杆菌、百日咳杆菌、丙酸杆菌、消化链球菌、沙门菌、放线菌、钩端螺旋体等；
2、用药方式：青霉素G需要采取静脉滴注或肌肉注射，阿莫西林主要是口服给药；
3、剂型：阿莫西林剂型有胶囊、片剂、颗粒剂、分散片等，青霉素G是粉尘制剂；
4、其他区别：阿莫西林与甲硝唑、奥美拉唑三联用药，可根治胃十二肠溃疡的幽门螺杆菌，而青霉素G对幽门螺杆菌没有明显的效果。
在临床上，患者在使用盘尼西林或阿莫西林进行治疗时，都应该先进行皮肤过敏试验，该试验结果阴性者才可正常使用药物进行治疗。同时还要注意清淡饮食，避免摄入辛辣刺激性的食物，以免降低药物疗效。如果在服药后出现瘙痒等不适症状，需要及时前往医院进行相关检查，并进行相应治疗。