临床不存在酸奶加亚麻籽油什么时间吃效果最好的说法，酸奶加亚麻籽油食用效果较好的时间有早餐7点到9点，可助消化吸收、提供能量营养；午餐后12点半到13点半，能促消化、补充营养；晚餐后19点到20点，可助消减负、调节生理指标。
早餐时食用是个不错的选择，一般在早上7点到9点，人体的肠胃功能处于较为活跃的状态，此时食用酸奶加亚麻籽油，能够更好地被消化和吸收，为身体提供能量和营养。酸奶中的蛋白质和亚麻籽油中的不饱和脂肪酸等营养成分，可以帮助提高饱腹感，减少上午的饥饿感和对其他高热量食物的摄入。
午餐后半小时左右，即12点半到13点半，也是比较适宜的时间，这个时候，午餐已经基本消化了一部分，食用酸奶加亚麻籽油，可以进一步促进肠胃蠕动，帮助消化午餐中摄入的食物，还能补充额外的营养。
酸奶中的益生菌有助于维持肠道微生态平衡，亚麻籽油中的营养成分则对心血管等方面有一定益处，在午餐后食用能更好地发挥其保健作用。晚餐后1到2小时食用酸奶加亚麻籽油也有好处，可以帮助消化晚餐，减轻肠胃负担，避免食物在肠道内堆积导致脂肪堆积等问题。
其含有的营养成分可以在夜间缓慢释放，为身体提供一定的营养支持，有助于调节血脂、血糖等生理指标，对身体健康有益。但每个人的身体状况和生活习惯不同，具体的最佳食用时间也可能会有所差异。
食用酸奶加亚麻籽油要确保两者都是新鲜优质的，变质的酸奶和氧化的亚麻籽油会危害健康，食用量需适度，过量可能导致肠胃不适、脂肪摄入过多等问题。对奶制品或亚麻籽过敏者禁食用，以免引起过敏反应，如果正在服用药物，要询问医生是否有相互作用。