黑芝麻生吃和熟吃各有优缺点，如果肠胃功能较好，追求最大程度地保留营养成分，可以适量生吃黑芝麻。如果注重消化吸收和口感，或者希望增强其药效，可以选择熟吃黑芝麻。
生吃黑芝麻能最大程度地保留其中的营养成分，如维生素E、不饱和脂肪酸等。维生素E具有抗氧化作用，有助于保护细胞。不饱和脂肪酸对心血管健康有益，可降低胆固醇水平，黑芝麻中含有丰富的油脂，生吃时油脂能起到润肠通便的作用，对于便秘患者有一定的缓解效果。
黑芝麻的外壳较硬，生吃时可能会给肠胃带来一定的负担，尤其是对于消化功能较弱的人来说，可能会出现腹胀、消化不良等情况。未经处理的黑芝麻，其营养成分可能难以被人体充分吸收利用。
经过炒制等加工处理后的熟黑芝麻，外壳变得酥脆，更容易被人体消化吸收，减少了对肠胃的刺激。在中医传统炮制方法中，炒制后的黑芝麻其补肾、乌发等功效可能会得到增强。从中医角度看，炒制可使其性味更温和，更能发挥滋补作用。熟黑芝麻具有浓郁的香味，口感更好，更容易被人们接受。
如果炒制温度过高或时间过长，可能会导致营养成分的破坏，如维生素等，熟黑芝麻性温，过量食用可能会引起上火症状，如口干、口苦、口腔溃疡等。