皮肤囊肿多不能通过外用药物达到消除的目的。但若合并感染或为囊肿性痤疮等情况导致，可遵医嘱使用红霉素软膏、莫匹罗星软膏、夫西地酸乳膏、维A酸乳膏、过氧苯甲酰凝胶、甲硝唑凝胶予以治疗。
1、红霉素软膏：属大环内酯类抗生素，具有抗炎杀菌的作用，可有效控制炎症。
2、莫匹罗星软膏：莫匹罗星软膏属于局部外用药物，可有效缓解因革兰阳性菌引起的感染性囊肿。
3、夫西地酸乳膏：夫西地酸乳膏对痤疮丙酸杆菌具有较强的杀伤作用，治疗囊肿性痤疮的效果较好。
4、维A酸乳膏：能够调节表皮细胞的更新，并促进病变部位皮肤的恢复，对痤疮引起的囊肿有较好效果。
5、过氧苯甲酰凝胶：可释放新生态氧，对痤疮丙酸杆菌具有抑制作用，并能够溶解角质，故适用于囊肿性痤疮。
6、甲硝唑凝胶：对于厌氧菌有较强的抗菌作用，若皮肤囊肿合并厌氧菌感染，可有效控制感染。
因此，出现皮肤囊肿后建议在医生指导下使用上述药膏，可以有效控制感染，但是不建议自行使用，以免误判致使用药错误而延误治疗。