三个月宝宝睡觉频繁醒可能与环境因素、饮食因素等非病理因素引起，也可能是消化不良、佝偻病、上呼吸道感染等病理因素导致。建议家长先不要过于紧张，若症状比较明显，可以去医院进行微量元素检查、体格检查等，明确诊断后进行对应的治疗。
一、非病理因素：
1、环境因素：可能由于三个月宝宝所处的环境光线太亮、室内温度不合适、被子盖得太厚，或者宝宝处于陌生环境等，都可能影响到宝宝的睡眠质量，从而出现三个月宝宝睡觉频繁醒、惊厥、尿床等症状，是正常的现象，建议营造温馨、舒适的睡眠环境；
2、饮食因素：可能由于三个月的宝宝所需要的营养比较多，在睡觉前如果补充的营养不足，所以在夜晚容易饥饿的情况，同时也有可能由于吃得过多导致夜间排便频繁，从而容易出现频繁醒来的情况，通常伴随着哭闹，属于正常现象，按照需求进行喂奶即可，同时及时更换尿布。
二、病理因素：
1、消化不良：由于三个月宝宝肠胃发育不完善，当睡觉前进食过多时，增加胃肠的负担，会导致肠胃蠕动缓慢，积食过多时可出现腹胀、腹痛的现象，所以宝宝会出现睡觉频繁醒的症状。可使用酪酸梭菌二联活菌散、枯草杆菌二联活菌颗粒等药物缓解；
2、佝偻病：由于家长近期喂养不当，导致三个月宝宝身体内缺乏维生素、钙、锌等营养元素，使钙磷代谢紊乱，身体抵抗力下降，可由于缺钙而导致神经肌肉兴奋性增高，患儿可能会出现惊厥和抽搐，所以可出现三个月宝宝睡觉频繁醒的现象。可以通过葡萄糖酸钙口服液、碳酸钙D3颗粒等缓解；
3、上呼吸道感染：由于三个月的宝宝本身免疫力比较弱，很容易受到病毒或细菌的侵袭而引起上呼吸道感染，可使鼻黏膜充血水肿，所以三个月的宝宝可在睡觉时由于鼻塞、流鼻涕等不适症状而出现频繁醒来的现象，需要在医生指导下口服小儿氨酚黄那敏颗粒、阿莫西林颗粒等药物进行治疗。
建议家长平时多注意宝宝的卫生，多喝水。按照规定时间带宝宝体检，合理膳食，多补充维生素。不要让宝宝着凉，注意保暖，根据环境变化，适当增减衣物。