三岁儿童发烧39℃以上，提示病情比较严重，需要积极对症治疗，可以采取物理降温、药物治疗等方法处理。如果持续高烧不退，应立即前往医院，在医生的指导下进行专业的治疗。
1、物理降温：三岁儿童发烧39℃以上，可以先进行物理降温，比如使用冷敷法，用冷水浸泡的毛巾或冷水袋，敷在孩子的前额头。也可以进行泡澡，用温水毛巾搓揉全身，可以让儿童皮肤的血管扩张，有利于体内热气散出。同时体表水分蒸发时，也会带走部分体内热量，从而达到降温的效果；
2、药物治疗：如果三岁儿童发烧39℃以上，并且出现明显的情绪不佳、精神反应差或其他不适表现，此时应在医生的指导下及时使用退热药，常见药物包括对乙酰氨基酚滴剂、布洛芬混悬液，可根据儿童体重计算药物用量，保证用药安全；
3、其他方面：三岁儿童发烧39℃以上，要注意多喝水，有助于出汗，并且水有调节温度的功能，可使体温降低，补充体内流失的水分。近期饮食要营养、清淡并且容易消化，可以吃清淡的汤面等，还要根据体温情况，适当增加或减少衣物。