患者出现严重的咳嗽，由于剧烈的咳嗽而引起头疼可能是非病理原因导致，如睡眠不足，也可能是存在发热、高血压、高血糖、颈椎病、呼吸道感染、过敏、脑部疾病等病理原因。
一、非病理原因：
患者可能由于剧烈咳嗽，夜间多次惊醒，睡眠质量不好，导致夜间睡眠不足，过度劳累，出现头疼症状。一般不需要进行特殊处理，调整睡眠，注意休息，一般头疼症状即可缓解。
二、病理原因：
1、发热：如果患者由于细菌或者病毒侵袭呼吸道而出现咳嗽的症状，同时伴有发热，则可能会由于头部血管扩张、血流速度增快等原因而诱发患者的头疼症状。此时一般需要治疗患者的原发病及发热症状，可服用对乙酰氨基酚、布洛芬、清开灵颗粒、连花清瘟胶囊等药物进行治疗；
2、高血压：如果患者本身存在高血压，剧烈咳嗽时，由于交感神经兴奋，可在咳嗽过程中使原有的血压进一步升高，导致患者脑部血管扩张，诱发咳嗽时的头疼症状。建议患者控制血压平稳，遵医嘱长期口服硝苯地平等药物进行治疗；
3、高血糖：可导致患者血液粘稠度增加，引起脑供血不足，引发咳嗽时头疼、头晕症状。患者需要注意控制饮食，避免进食高糖食物，如甜食等，同时遵医嘱服用降糖药物，如二甲双胍，或注射胰岛素进行治疗；
4、颈椎病：颈椎间盘突出，压迫颈动脉或者神经，可引起颈源性头痛，如果患者同时具有咳嗽症状，也可表现为咳嗽时出现头疼的症状。患者应注意避免低头工作，或可以进行理疗，如果无法缓解，可能需要口服非甾体类消炎镇痛药物，或进行手术治疗，解除压迫症状；
5、呼吸道感染：包括支气管炎、扁桃体炎、咽炎等，患者出现咳嗽等症状。各种炎性介质释放作用于脑神经，产生疼痛症状。此时患者需要进行抗感染治疗，可以服用阿莫西林、阿奇霉素或者布洛芬进行治疗；
6、过敏：患者对空气中的粉尘、花粉或者其他物质过敏，引起脑血管扩张，出现咳嗽时头疼的症状。一般需要进行抗过敏治疗，可服用扑尔敏、氯雷他定等药物。
7、脑部疾病：如脑炎、脑膜炎、脑部缺血或出血性疾病、脑部肿瘤等，可以引发头痛症状，与咳嗽引起的头痛重叠，可能无法进行分辨，患者需要进行头颅核磁共振检查明确诊断，必要时需要监测血压，进一步排查脑血管疾病和脑部肿瘤等疾病。
除上述病理原因外，咳嗽可导致患者胸部、腹部压力变化，引发神经紊乱，导致患者出现头疼症状，一般建议患者先治疗咳嗽症状，控制症状后一般头疼即可缓解。
如果患者的咳嗽症状比较严重，可能需要进行止咳治疗，可以服用甘草、橘皮等中草药，也可以根据情况选择蓝芩口服液、化痰消咳片等中成药。如果无法缓解，应查明咳嗽原因，若是感染所致，可应用阿奇霉素、克拉霉素、左氧氟沙星等抗生素，同时服用右美沙芬、急支糖浆等止咳药物。