眼位不正即为斜视，治疗的主要目标是恢复双眼视觉功能。主要包括非手术治疗以及手术治疗，其中非手术治疗包括光学矫正治疗、药物治疗等。
非手术治疗
一、光学矫正治疗：
1、框架眼镜：轻微的屈光不正不需要矫正，如果内斜视患者有明显的远视，内斜视与远视相关，可在医生指导下进行矫正。对高AC/A型调节性内斜视患者，配戴双光镜可以放松调节，亦可配镜矫正；
2、三棱镜：对有复视的斜视患者，可配戴三棱镜，使两眼视轴平行，以达到矫正目的。
二、药物治疗：
1、散瞳剂和缩瞳剂：用阿托品散瞳可以矫正或部分矫正屈光性调节性内斜视；点缩瞳剂可以形成药物性近视，减弱中枢性调节，对矫正高AC/A型调节性内斜视有效；
2、A型肉毒素：在肌电图监视下将A型肉毒素注射于麻痹肌的拮抗肌内，由于药物的神经毒性作用，使肌肉暂时性麻痹，重建了麻痹肌和拮抗肌之间的平衡，能够达到减小或消除斜视的效果。主要应用于中小度数内外斜视、术后残余斜视、急性麻痹性斜视等。
手术治疗
若光学矫正治疗和药物治疗无法达到预期治疗效果，或患者眼位不正的程度较重，还可采取手术治疗，常用的手术包括下斜肌减弱术、上或下直肌后徙术、眼外肌悬吊后徙术、上或下直肌缩短术、上斜肌前部前徙术等。手术时机以6-7岁前为最佳，术后可通过双眼视功能训练增强和保持稳定的立体视功能。