肾囊肿的患者初期多无明显症状，对肾功能影响不大，一般无需治疗。10cm以上的囊肿或疑有恶变的囊肿，就需要手术治疗。但肾囊肿手术采用微创还是开刀，取决于肾囊肿的类型及大小，还有患者的自身情况。
一、开放式手术：
常用术式为去顶减压术，此类手术能完全暴露切除各部位的大小囊肿，效果较好。但手术切口长，手术耗时久且创伤大，患者康复慢。由于手术切口大，易损伤肋下神经或髂腹下神经，造成术后切口下方的疼痛和麻木。适用于孤立性多房性肾囊肿肾功能受损者或肾盂周围囊肿、肾周假性囊肿引起尿路梗阻者等，不适用于严重心肺疾患，不能耐受手术的老年患者等。
二、微创手术：
1、腹腔镜下肾囊肿去顶术：该手术方式较常规后腹腔镜手术可明显减少术中出血、手术时间等，术中意外损伤、术后并发症及复发较少。是肾囊肿的首选术式，适合绝大多数的肾囊肿，但其费用较高，需要全麻，且一次手术只能处理一侧肾脏，若囊肿并发感染粘连再次手术治疗时，手术难度加大，不适于有急性腹膜炎、肾囊肿存在感染等患者；
2、输尿管软镜内切开引流术：属于微创手术的一 种，但是因输尿管软镜反复进出输尿管、肾盂，易造成黏膜损伤，易发生在输尿管狭窄及扭曲部位，不宜作为常规方式选择。若患者肥胖合并有严重心血管疾病，无法进行全麻或B超无法引导准确定位等情况时可以考虑，同时还适用于有出血倾向的患者如服用抗凝药物者，以及糖尿病、肝硬化、慢性肾功能不全、重度肥胖者、二次手术者。