男性患者如果出现HPV59阳性，可根据是否发生原发性皮疹，考虑是否采取治疗。通常情况下男性HPV59阳性，若皮肤、黏膜表面不存在破损或皮疹的情况下，不需要特殊治疗。可能是暂时性感染，多数患者在1年内可自愈。
男性患者HPV59阳性，也可能是患者HPV检测方法为DNA检测，如果检测人员操作不当，或者实验室污染，可能会出现假阳性的结果，也不需要治疗，建议进行复查。若复查结果还为阳性，且患者生殖部位有原发性皮疹，如小丘疹或菜花样赘生物等。此时可以在医生指导下，采取激光或者液氮冷冻治疗，泛发性皮疹可采用光动力方法进行治疗，必要时可外涂干扰素凝胶，或肌肉注射干扰素等。
男性患者出现HPV59阳性时，建议伴侣也要进行相关指标检查，判断伴侣是否感染。若只有男性单方面出现HPV59阳性，可在医生指导下进行上述措施。若双方均为阳性，可能具有高度感染概率，即使无其他症状发生，为减小传染性可采用肌肉注射干扰素，或口服胸腺肽等药物来进行控制。