胃间质瘤不一定要进行手术治疗，但通常将其视为具有恶性潜能的肿瘤，因此首选的治疗方式为手术治疗，建议患者积极进行手术治疗，避免肿瘤恶变或引发消化道出血，部分无法进行手术治疗的患者可遵医嘱应用甲磺酸伊马替尼等药物缓解症状。
如果胃间质瘤的恶性程度低，无症状且超声内镜检查没有高危因素时，如不规则边界、溃疡、内部异质性等，可暂时不进行手术治疗，定期进行复查即可。若胃间质瘤的恶性程度高，且其体积较大，可能会对局部组织造成压迫，此时手术治疗相较于药物治疗可明显缓解患者腹痛、腹胀等症状，且进行非手术治疗时瘤体可能会进一步增大，造成瘤体内出血、坏死及囊性变，并在黏膜表面溃疡导致消化道出血，故此时建议胃间质瘤患者进行手术治疗。所以，胃间质瘤患者不一定要进行手术治疗，但手术治疗是首选治疗方式。
如果患者不能进行手术治疗，或术后复发、转移，可遵医嘱应用甲磺酸伊马替尼，可以针对性地抑制相关突变基因的活性。对于中高危险度的胃间质瘤，术后遵医嘱应用甲磺酸伊马替尼还可以改善预后。