微波治疗仪对于前列腺炎有一定的治疗效果，主要通过改善前列腺的局部血液循环，促进药物在局部的吸收，抑制或杀灭局部病原体，达到缓解、消除临床症状的作用。
微波治疗通常作为前列腺炎治疗的辅助手段，并不是主流的治疗手段，主流治疗措施为药物治疗。常用药物包括抗生素，如阿莫西林克拉维酸钾，以及α受体阻滞剂，如甲磺酸多沙唑嗪、盐酸坦索罗辛等，还有M受体阻滞剂，如琥珀酸索利那新、酒石酸托特罗定等，也可以应用非甾体类消炎镇痛药物，如布洛芬、吡氧噻嗪等，以及植物制剂，如普适泰、沙巴棕软胶囊等。患者进而根据自身情况，在医生指导下，选择3-5种药物进行联合治疗，同时联合前列腺按摩，或微波治疗仪等手段，进行综合治疗，以达到改善症状的目的。
除了微波治疗外，类似理疗方法还包括透热疗法、短波与超短波疗法、超声波疗法、微波疗法、射频疗法，以及局部热水熏蒸或熏洗等，作用机制大同小异，均可以在医生指导下进行治疗。