初中生13岁经常头疼可能是休息不足、上呼吸道感染、偏头痛等因素导致，建议在医生的指导下进行针对性治疗，以免影响正常生活和学业。
1、休息不足：如果初中生经常熬夜使用电子产品，如手机、电视、电脑等，或是学习压力比较大，得不到充足睡眠，休息时间缩减，可能会导致头疼等不适症状。建议初中生多休息，避免熬夜，保证充足睡眠，头疼症状会逐渐缓解。
2、上呼吸道感染：如果初中生没有做好个人防护，受风后淋雨，导致身体免疫力低下，从而易感染病原体，当病原体随着血液循环到达体温调节中枢，会出现发热、头疼、嗜睡等不适症状，可在医生指导下使用感冒灵颗粒、罗红霉素胶囊等药物治疗。
3、偏头痛：可能是遗传、冷空气刺激、精神紧张等因素导致，出现额头两边疼的情况，可遵医嘱使用对乙酰氨基酚颗粒、布洛芬颗粒、维生素B1片等药物治疗。
除了以上因素，还可能是枕大神经痛、紧张性头痛、带状疱疹感染、颈椎病、高血压、癫痫、脑血管病等原因，建议及时去医院神经内科就诊，通过血常规、脑CT等相关检查，明确病情，积极配合医生治疗。