小孩发烧39.9℃是否会烧坏身体需要分情况而定，通常发烧39.9℃在及时治疗后，不会烧坏小孩的身体。如果没有进行及时处理，发烧温度继续升高，可能会烧坏身体。小孩发烧39.9℃属于高烧范围，发烧是由于外界的细菌和病毒侵犯机体，机体会衍生成一种保护性反应，导致小孩出现发烧的情况。
1、不会烧坏身体：如果小孩发烧到39.9℃，且小孩的精神状态较好，没有出现萎靡不振的情况，经过及时治疗，如温水擦浴、使用退烧贴等物理降温，或是及时服用布洛芬、对乙酰氨基酚等药物进行退烧治疗，小孩的体温会逐渐恢复至正常，通常不会烧坏身体；
2、会烧坏身体：如果小孩发烧39.9℃没有进行及时治疗，体温可能持续升高超过39.9℃，甚至达到40℃。对于年龄较小的孩子来说，由于大脑皮层没有完全发育成熟，局部神经兴奋性较高，在出现高烧时可能会导致大脑皮层出现异常放电的情况，引起小孩出现惊厥，还可能会加重小孩本身的疾病。如果小孩是因存在肺炎导致发烧39.9℃，没有进行及时治疗，可能会导致全身感染性疾病，如败血症等，则会对身体造成较严重的不良影响。