菌阴肺结核是指三次痰涂片，及一次培养阴性的肺结核，诊断标准为下面几个方面，如肺结核临床症状、胸部X线表现。如果需要进行菌阴肺结核诊断，需前往正规的医院进行相关检查。
1、典型的肺结核临床症状和胸部X线表现：典型的肺结核临床症状，包括呼吸道症状，比如咳嗽、咳痰超过2周，可伴有咯血、痰血、胸痛、呼吸困难等。还有全身结核中毒症状，比如发热，可伴有盗汗、乏力、食欲降低、体重减轻、月经失调等症状。但症状可以不典型，也可以只有其中一两种症状，比如只有轻微咳嗽等。同时还需要结合肺结核的胸部X线特点，肺部可有多个病灶分散存在，病灶可有多种形态，包括斑点、斑片、结节、团块、实变、厚壁空洞、薄壁空洞、干酪空洞、钙化、纤维条索影等；
2、抗结核治疗有效：如果判断肺结核可能性很大，可进行诊断性抗结核治疗，也就是试验性用药。如果用抗结核药治疗1个月，复查胸部CT好转，就说明治疗有效，则肺结核的可能性较大；
3、临床可排除其他非结核性肺部疾病：完善鉴别诊断所必需的检查，比如支气管镜或肺穿刺排除肺癌，查血常规和痰培养以及抗生素治疗无效可排除肺炎等，若鉴别诊断将其他疾病排除，则可能诊断为肺结核；
4、PPD皮试强(+)血清抗结核抗体(+)：当患者PPD皮试强(+)或结核感染T细胞检测(+)，则可能诊断为肺结核；
5、痰结核菌PCR加探针检测呈(+)：若患者的痰结核菌PCR加探针检测呈(+)，说明患者痰中查到结核菌的核酸，则可能诊断为肺结核；
6、肺外组织病理证实结核病变：肺外组织最多见的是淋巴结，特别是颈部或锁骨上淋巴结，活检病理可证实结核病变；
7、支气管灌洗液检出抗酸分枝杆菌：支气管镜检查是诊断肺部疾病重要的检查手段，进行支气管镜检查时，在病灶部位的支气管内注入生理盐水，然后再吸出来。在吸出来的液体中，若检查到含有结核菌，则可诊断为肺结核；
8、支气管或肺组织病理证实结核病变：可经支气管镜取肺活检、经皮肺活检、经胸腔镜肺活检，若活检结果证实有结核病变，则可确诊为肺结核。
若具备1-6项中任意3项或7-8项中任何1条，即可确诊为肺结核。如果诊断为肺结核，建议及时前往医院就诊治疗。患者平时还需注意休息，多喝水，适当锻炼增强体质。饮食上建议以清淡、易消化的食物为主可以多吃新鲜的蔬菜水果。