导致尿沉渣中出现鳞状上皮细胞高的原因较多，可能与尿液被污染，或尿路鳞状上皮化生，甚至泌尿系统肿瘤有关。也可能与尿路炎症或结石有一定关系，应进行仔细鉴别。
1、尿液被污染：此类情况较为常见，首先应怀疑留取尿液时是否发生污染。特别为女性，由于阴道上皮主要是鳞状上皮，阴道分泌物中脱落的鳞状上皮如果沾染到尿液中，会使尿沉渣中鳞状上皮细胞增高。遇到此种情况时，应重新留取清洁的中段尿，查看是否仍然存在鳞状上皮细胞高的情况；
2、尿路鳞状上皮化生：可能患者长期存在刺激尿路的因素，包括尿路有结石、留置输尿管支架管、肾造瘘管、膀胱造瘘管及导尿管等，刺激上皮发生变性，从而出现鳞状上皮化生或尿路上皮化生等，从而检查出现尿沉渣鳞状上皮细胞高。建议及时遵医嘱应用抗生素治疗，如氧氟沙星等药物，一般为良性病变，但部分人群可能会发展为肿瘤，需要提高警惕；
3、泌尿系统肿瘤：可能是膀胱肿瘤等，对于极少数人群而言，尿沉渣中鳞状上皮细胞高提示鳞状上皮癌，虽然此类型肿瘤在尿路上皮化生中占比不到1%，但恶性程度高，一旦发现需要尽快结 合其他诊断，如肿瘤标志物、尿常规、CT等，然后积极采取手术、化疗等治疗方式，但晚期预后效果差。
除上述外，单纯的尿沉渣鳞状上皮细胞高临床意义较小，还需结合其他数值，如白细胞、亚硝酸盐等，以及患者是否存在排尿疼痛、排尿次数增加、腰痛等症状判断，必要时进一步行B超、膀胱镜检、肾动脉造影等明确诊断，以免病情延误。