上腭肿瘤切除后遗症与肿瘤性质、手术切除范围等有关，如果是位于上腭的良性肿瘤，如黏液囊肿、乳头状瘤、多形性腺瘤等，此时通常手术切除范围较小，一般影响不大，通常不会出现后遗症，但如果良性肿瘤的切除范围较大，可能会出现发音不清、腭瘘等后遗症。
如果上腭肿瘤属于恶性肿瘤，通常手术切除术范围较大，需要切除上腭的骨头、软组织以及部分上颌骨，可能会影响患者面部的结构和功能，导致患者出现发音不清，甚至造成腭瘘，即喝水从鼻子里面流出等，一般需进行二期手术，如皮瓣修复，可能减少发生腭瘘的几率。此外，患者的依从性和对医嘱的执行度也影响手术后的效果，如腭护板是否及时佩戴等，通常配合性较高的患者，出现后遗症的风险会降低。
如果怀疑存在上腭肿瘤，应及时到医院检查，尽量做到早发现、早治疗，疾病早期手术切除范围小，通常手术的后遗症较少，后期可能切除范围较大，则出现后遗症的几率会增加。