肛瘘手术后五六天最疼一般指肛瘘手术后5-6天最疼，可能与伤口裂开、伤口感染等因素有关。肛瘘手术的原则是将瘘管切开或切除，形成敞开的创面，促使肛瘘愈合。
肛瘘手术后5-6天，手术造成的创面已基本愈合，但可能会因为肛门排便而刮擦创面，导致脱痂、掉痂，可能会导致再次出血，并伴随肛门括约肌的收缩作用，可能会导致伤口裂开，进而出现疼痛的现象，而伤口经过粪便等物质冲刷后，更容易发生伤口感染，由于炎症刺激会导致局部出现红、肿、热、痛的情况，因此可能会出现肛瘘手术后5-6天最疼的情况。建议肛瘘手术后保持大便通畅，并维持创面清洁，饮食尽量以温软、易消化的食物为主，例如面条、米粥等，适量增加饮水量，避免出现便秘。
如果肛瘘手术后疼痛症状比较明显，可以在医生指导下使用止痛药，比如阿司匹林肠溶片、去痛片等，或者注射止痛针，比如盐酸曲马多注射液等，以缓解疼痛症状。