咳嗽是人体正常的保护性反射，当呼吸道黏膜上皮细胞的感觉神经受到刺激，大脑中枢神经系统就会发指令，通过咳嗽将痰液或异物排除。白天不咳嗽一到凌晨一两点就咳嗽常见于口腔分泌物呛入气管、呼吸道过敏、咳嗽变异性哮喘和心力衰竭等原因，患者应在医生的指导下进行治疗。
1、口腔分泌物呛入气管：在睡眠中可能有口腔分泌物呛入气管，特别是老年人咽反射减弱，仰卧位睡眠的时候容易发生口腔内分泌物的误吸，引起凌晨一两点或夜间其他时间咳嗽的情况，建议尽量采取侧卧位睡姿，或是将枕头抬高缓解症状，严重时可以在医生的指导下使用蛇胆川贝液、川贝枇杷膏等药物治疗；
2、呼吸道过敏：晚上睡觉的时候，若对床品中的棉絮、螨虫等过敏，出现呼吸道过敏反应，也会导致凌晨一两点或夜间其他时间咳嗽，同时还可伴有皮疹、发痒等症状，患者可以定期对棉被、枕头进行清洗消毒，以及放置阳光下暴晒，严重者可以在医生的指导下使用地塞米松片、醋酸泼尼松片对症治疗；
3、咳嗽变异性哮喘：是由多种细胞参与的慢性气道炎症，会引起气道反应性增高，出现反复发作的喘息、气促、胸闷或咳嗽等症状，多在夜间发生，如凌晨一两点出现咳嗽，可遵医嘱使用硫酸沙丁胺醇气雾剂、硫酸特布他林片等药物治疗；
4、心力衰竭：心力衰竭的患者可出现白天不咳嗽，一到凌晨一两点或夜间其他时间就咳嗽的症状，尤其是夜间平躺的时候，肺静脉血回流心脏阻力增加，可导致肺部渗出物增多，刺激支气管黏膜，引发咳嗽。可以在医生的指导下使用琥珀酸美托洛尔缓释片、呋塞米片、卡托普利片等药物进行治疗，严重者可进行心脏同步化治疗，或心脏移植治疗。