急性胃肠炎一般是由理化及生物因素所致，多见于病毒或细菌感染。临床上可通过临床表现、大便性状以及实验室检查结果(血常规、便常规、便培养等)来判断是细菌感染还是病毒感染。
1、临床表现：病毒性胃肠炎以呕吐、腹泻、水样便为主要临床特征，婴幼儿多见，可出现发热、恶心、厌食、腹痛等中毒症状，免疫力正常者大多数可以自行恢复。而细菌性胃肠炎临床表现以胃肠道症状为主，常伴有脱水或水电解质紊乱，轻重不一，多数可自行恢复，但少数可发生严重并发症，甚至可能导致死亡；
2、大便性状：病毒性胃肠炎大便水分多，呈水样便，无腥臭味。而细菌性胃肠炎大便呈黏液状，带脓血，有腥臭味；
3、血常规：病毒性胃肠炎血常规检查可发现白细胞正常，而细菌性胃肠炎白细胞和中性粒细胞多升高；
4、便常规：病毒性胃肠炎粪便显微镜检查偶有少量白细胞，用ELISA法或胶体金法可检测粪便中病毒抗原，而细菌性胃肠炎大便镜检有大量白细胞及数量不等的红细胞；
5、便培养：病毒性胃肠炎便培养无致病菌生长，细菌性胃肠炎粪便细菌培养可找到相应的致病菌。