市面上的益生菌多数都没有味道，部分益生菌可能为了辅助婴幼儿进食添加一些辅料，在食用时会有轻微的酸味。如果益生菌出现臭味，可能是益生菌过期或者包装泄漏引起益生菌变质所致。
益生菌是一种定植于体内，对人体有益的微生物，具有调节肠道菌群、促进人体消化、保护肠道黏膜等功能，用于治疗疾病的常见益生菌种类有酵母菌、丁酸梭菌、乳杆菌、双歧杆菌等。正常的益生菌多为无味，如果有臭味的产生，可能是益生菌已经变质，变质的益生菌其药剂内部的菌群失活，效果减弱，而且变质后可能会有其他有害细菌滋生，产生对人体有害的物质，甚至可能引起中毒，因此不建议吃已经发臭的益生菌。
益生菌在临床上可以用于调节人体肠道菌群，改善胃肠功能紊乱而引起的腹泻、呕吐、便秘等症状。益生菌平时要低温保存，服用时需要使用温水，因为过热的环境容易使菌群失活，服用益生菌最好寻求医生的指导，避免出现依赖性用药。