短效避孕药和紧急避孕药均具有一定危害，两者相比较而言，紧急避孕药危害更大一些。平时应尽量避免使用紧急避孕药进行避孕，如果想要避孕最好选择其他方法，如避孕套等。
短效避孕药通常是由雌激素和孕激素所组成，其内雌激素剂量比较低，对内分泌影响相对较小，故对身体危害相对小一些。此类药物在临床上多是从月经开始第一天使用，之后遵医嘱坚持应用能达到避孕目的。长期有规律口服短效避孕药除了可以避孕之外，还可以对月经周期和月经量进行调整，故对于存在月经周期异常或者月经量过多、痛经的患者，相对比较适用。通常长期规律服用短效避孕药，避孕效率很高，一般不会意外怀孕。
紧急避孕药可以分为两大类，一类是高效孕激素，主要成分是左炔诺孕酮，另一种是米非司酮，上述两种药只是作为紧急避孕药使用，并不推荐作为常规使用。因为其内含有的激素量较大，长期使用会对内分泌功能产生影响，有引起女性内分泌紊乱和异常出血的风险，对于未来的生育不利，只能在常规避孕方式失败以后作为补救。如果要选择使用避孕药，建议选择短效避孕药，尽量避免经常使用紧急避孕药。
对于 育龄期的女性，若没有怀孕的打算建议非必要尽量不要选择使用避孕药避孕，以减少激素类药物对体内激素水平造成影响。如果想要避孕，尽量选择避孕套或者节育环等方式进行避孕。如果为相对年龄大的女性，之后无怀孕打算，可以选择通过输卵管结扎术等进行避孕。