小肠中的消化液主要有胰液、胆汁、小肠液等。其中胰液是由胰腺外分泌部分泌的一种无色无臭的碱性溶液，胰液中的无机物主要是水和碳酸氢盐，主要作用是中和进入十二指肠的胃酸，为小肠内多种消化酶的活动提供适宜的碱性环境，如胰淀粉酶、胰蛋白酶，以及胰脂肪酶等，并保护肠黏膜免受胃酸的侵蚀。而胆汁是由肝细胞分泌的一种味苦的有色液体，随着机体代谢进入小肠中，虽然其中没有消化酶，不具有消化作用，但是可以激活胰脂肪酶，还能与脂肪酸、脂溶性维生素结合成水溶性复合物，以促进上述物质的吸收。
此外，其中的小肠液是由小肠腺分泌，通常含有大量水分、无机离子，以及有机物质。具有稀释肠内容物、有利于消化产物吸收的作用，还具有保护小肠黏膜，减少局部刺激的作用。