小腹不舒服有褐色分泌物，有可能是月经末期、排卵期出血等生理性因素导致，也可能为先兆流产、异位妊娠、妇科炎症、子宫内膜异位症、宫颈病变、子宫肌瘤等病理性因素造成。一般需要根据不同的原因进行处理，避免影响女性健康。
一、生理性因素：
1、月经末期：经期最后1-2天随性激素变化，经期出血量会减少，部分女性会有腹部坠胀感、阴道分泌物颜色呈褐色的情况。此时一般不需要进行特殊治疗，但一定要注意休息，耐心等待月经干净即可；
2、排卵期出血：排卵期雌激素短暂下降会造成内膜部分脱落，引起小腹不适，并可见褐色分泌物从阴道排出。此时建议多休息，也不要盲目用药，等排卵结束后褐色分泌物也会自然消失，不用过于担心。
二、病理性因素：
1、先兆流产：部分怀孕早期的孕妇由于自身孕酮水平低，容易造成胚胎组织和子宫壁部分剥离，引起局部血管网破裂出血，产生小腹疼痛、阴道分泌物颜色异常等症状。建议此类女性及时到医院做全面的产检，必要时口服黄体酮胶囊进行保胎，并且严格卧床休息；
2、异位妊娠：如果孕早期查出为宫外孕，随胚胎发育可能会损伤正常的输卵管壁，造成输卵管破裂损伤，引起小腹疼痛、阴道不规则出血等情况。建议尽快前往医院检查并住院，必要时通过腹腔镜手术进行治疗，才可以控制病情发展；
3、妇科炎症：如果平常不注意私密部位卫生、进行不洁的性生活，可能会受到细菌等病原菌感染，患上盆腔炎、子宫内膜炎等妇科炎症。随病情发展可能会破坏正常的内膜组织，容易引起内膜充血、内膜下血管破裂出血，并可伴有小腹疼痛、坠胀等不适。此时建议尽快安排彩超、妇科常规等相关检查，遵医嘱应用头孢他啶片、甲硝唑栓等药物治疗，同时应注意做好私密部位清洁工作；
4、子宫内膜异位症：对于存在子宫内膜异位症的女性，可能在经期前后由于性激素下降而造成异位的内膜不规律脱落，引发阴道不规律出血的现象，并可导致小腹酸胀感。此时可以遵医嘱口服米非司酮片、醋酸甲羟孕酮片等药物进行保守治疗，若保守治疗无效，必要时也可以安排腹腔镜手术治疗；
5、宫颈病变：对于部分有宫颈炎或宫颈息肉的女性，由于病情加重破坏正常的宫颈组织，也会引起宫颈部位血管网破裂出血，导致分泌物颜色异常、腹部存在不适。此时可以口服抗宫炎胶囊、盐酸多西环素片、头孢克肟颗粒等药物改善并按时复查，但对于宫颈息肉，做手术治疗效果更好；
6、子宫肌瘤：部分内分泌失调的女性容易发生子宫肌瘤，尤其黏膜下子宫肌瘤增大会凸向宫腔，造成内膜破坏，严重情况下还会引发内膜脱落，造成阴道分泌物颜色呈褐色，并伴有小腹疼痛、局部包块等。病情较轻者可以服用米非司酮片等药物进行保守治疗，但一般黏膜下子宫肌瘤建议做宫腔镜手术比较好。
除上述原因外，当女性有子宫内膜癌或宫颈癌等异常病变时，由于癌细胞快速繁殖会侵袭正常的组织，造成宫颈、内膜破坏，也可引起上述症状。针对有癌变的女性，早期以手术治疗为主，但中晚期只能通过化疗或放疗的方式延长存活时间。