新生儿高腭弓有没有关系，取决于具体情况。部分新生儿高腭弓不伴有明显畸形，通常没有关系，如果新生儿高腭弓伴有其他畸形表现，此时可能有一定关系。
有些新生儿腭弓有轻微增高，其他方面没有异常表现，能正常进奶，随着新生儿长大，高腭弓可能发生合理改变，对新生儿没有较大影响，通常没有关系。有些新生儿存在高腭弓时，可能有其他异常表现，如四肢细长，双手下垂，甚至过膝，上半身较下半身长，皮下脂肪较少、肌张力低下等，这时需警惕先天性畸形疾病，如马方综合征，此时可能对新生儿有较大影响，有一定关系。家长应及时带新生儿就诊，通过伴随症状、实验室检查等，确认是否有先天性畸形疾病，如果确诊为马方综合征，新生儿可能合并主动脉瘤，如果主动脉瘤发生破裂，新生儿可能有生命危险。