肠炎灌肠一般有效果，但是具体效果存在个体差异性。主要是因为现代医学已证实，直肠和结肠周围有丰富的动脉、静脉和淋巴丛，其黏膜具有较强的吸收功能，灌肠可以使药物直接到达炎症的肠黏膜部位，以起到治疗作用。
如果存在细菌或病毒感染所致的肠炎，炎性因子会刺激肠黏膜而使其糜烂、出血、水肿，出现腹痛、腹泻、便血的临床症状。此时可以通过保留灌肠给药，将药物混合于肠道分泌物中，通过肠黏膜被吸收，而直接进入体循环，或经过门静脉进入肝，再参与体循环，肠道淋巴系统也吸收部分药物。这种药物吸收方式与口服药物治疗相比，可以避免酸、碱消化酶对药物的影响和破坏作用，减轻药物对胃肠道的刺激，全身不良反应较少。同时局部药物浓度较高，也可以提高药物生物利用度，使有效药物成分迅速吸收。
在临床中，肠炎除了灌肠治疗，还可以在医生指导下通过口服、静脉注射的方式进行药物治疗，比如美沙拉嗪肠溶片、左氧氟沙星注射液等，还可配合蒙脱石散、颠茄片改善腹泻。如果肠炎病情较为严重，并发梗阻、穿孔情况，可以行手术解除肠梗阻或者修复治疗。