阴茎根部起个硬硬的痘还疼的原因有很多，常见的原因有毛囊炎、皮脂腺囊肿、疖肿、尖锐湿疣等，需要患者前往医院进行相关检查，在明确病因后进行针对性治疗。
1、毛囊炎：一般是细菌感染毛囊部位导致的炎症性疾病，如金黄色葡萄球菌，如果既往有糖尿病病史血糖控制不佳，或长期使用糖皮质激素等也容易导致毛囊炎，表现为局部硬结，单个或多个，伴有红、肿、热、痛，阴茎根部毛囊炎也会导致阴茎根部起个硬硬的痘还疼，可伴有瘙痒，如果局部已经化脓，局部可见粟粒样脓头，可以在局部外涂莫匹罗星软膏、盐酸克林霉素凝胶、红霉素软膏等药物治疗；
2、皮脂腺囊肿：如果阴茎根部油脂分泌旺盛，局部皮肤污垢堆积较多，皮脂腺被分泌物堵塞后，导致阴囊局部出现皮脂腺囊肿，出现阴茎根部起个硬硬的痘还疼，严重时会出现破溃、流脓。可以口服头孢克肟胶囊、阿莫西林胶囊等药物治疗，必要时通过囊肿切除术进行治疗；
3、疖肿：多为金黄色葡萄球菌感染所致的单个毛囊，及其所属皮脂腺的急性化脓性炎，典型表现为单个毛囊红肿疼痛的小硬节及黄白色脓栓，阴茎根部出现疖肿也会导致阴茎根部起个硬硬的痘还疼。可以在医生指导下局部外涂鱼石脂软膏、莫匹罗星软膏等药物，如果出现化脓、破溃则需要通过切开引流手术治疗；
4、尖锐湿疣：是人乳头状瘤病毒感染引起的肛门、肛周、外生殖器疣，表现为肛周或外生殖器处出现扁平菜花样的赘生物，部分患者可感到阴部瘙痒、异物感、阴部灼痛，也会导致阴茎根部起个硬硬的痘还疼，可通过液氮冷冻治疗、激光治疗、手术切除等方法进行治疗。